Управление учреждением осуществляется администрацией ППМС-Центра во главе с директором в соответствии с действующим законодательством РФ и Уставом Центра и строится на принципах единоначалия и самоуправления. Формами самоуправления являются общее собрание работников Центра и педагогический совет Центра.
Схема государственно - общественного управления
В своей структуре центр имеет следующие службы:
Логопедический пункт;
Служба ранней специальной помощи ребёнку и его семье;
Кабинет по психолого-педагогической профилактике наркомании у детей и подростков
Кабинет по организации комплексного сопровождения детей с расстройствами аутистического спектра;
Северная территориальная психолого-медико-педагогическая комиссия.